Den svenska statsmaktens ambition att upprätta ett centralt register över landets fornminnen kan följas tillbaka till 1600-talet. I många topografiska beskrivningar och reseskildringar från den tiden och framåt redovisas fornlämningar, vilket visar att de redan då hade ett värde.

Den tidigaste förordningen som gäller fornminnen finns i 1666 års fornminnesplakat, världens äldsta "fornminneslag". Ett första försök gjordes att genom präster och landshövdingar mer systematiskt uppteckna fornminnen, i Rannsakningar efter antikviteter, under åren 1667-1685. De förvaras på Kungliga biblioteket och Riksarkivet.

Under 1700- och 1800-talen rådde däremot ett bristande statligt intresse för fornvård och forskning. Men på privat initiativ gjordes en rad landskapsbeskrivningar där fornlämningar redovisas.

Hans Hildebrand, riksantikvarie 1879-1907, påtalade framsynt vikten av ett stort upplagt inventeringsprogram, "för att gifva en framställning av den forntida bygden under olika kulturperioder". Denna inventering förverkligades främst i den så kallade Göteborgsinventeringen 1915-1929, och i ett stort antal sockeninventeringar under 1920- och 30-talen. De bekostades av regionala intressenter, men leddes av Riksantikvarieämbetet, som utarbetade en modern inventeringsteknik, och för första gången markerades fornlämningarna på kartor. Dessa inventeringar förvaras på Antikvarisk-Topografiska arkivet (ATA).

Efter ett riksdagsbeslut 1937 fick så Riksantikvarieämbetet ansvaret att systematiskt inventera alla kända fasta fornlämningar med synligt märke ovan jord. De skulle redovisas på den av Rikets Allmänna Kartverk just påbörjade ny Ekonomisk karta över Sverige. Denna inventering blev i första hand en utpräglad skyddsinventering som var inriktad på service och information inom samhällsplanering och kulturminnesvård.

Nu fick Riksantikvarieämbetet ekonomiska möjligheter att ha fast anställd personal, och en omfattande inventering inleddes, med början på Gotland, varpå man fortsatte på fastlandet i takt med Lantmäteriverkets (då Kartverket) utgivning av den ekonomiska kartan.

Som fältkarta användes då liksom nu en fotokarta i skala 1:10 000 (i övre Norrlands inland 1:20 000). Som registerkarta användes den ekonomiska kartan, som kompletterades med inprickningar med åtföljande nummer. Dessa hänvisar till beskrivningar av lämningar och nedtecknas sockenvis i inventeringsböcker. Renskrifter av inventeringsböckerna för det egna länet skickades till samtliga länsmuseer. Det nu upprättade Fornminnesregistret fick härmed en unik omfattning, även internationellt sett.

År 1975 delegerades beslutsrätten i fornminnesärenden till länsstyrelserna. Inventeringsböcker och fornminnesöversikter kopierades och skickades fortlöpande till länsmuseer och länsstyrelser.

År 1977 avslutades den första omgången av fornminnesinventeringen. Då var hela landet utom fjälltrakterna inventerade.

Redan år 1974 påbörjade Lantmäteriverket revideringsarbetet med den ekonomiska kartan, vilket innebar en förnyad fornminnesinventering, den så kallade revideringen. Genom denna kom antalet kända fornlämningar att öka avsevärt.

Av förlagsekonomiska skäl ändrades 1983 kartskalan för den ekonomiska kartan till skala 1:20 000 och fick då namnet Gula kartan (numera Fastighetskartan). I samband med att Lantmäteriverket påbörjade "den forcerade databasuppbyggnaden" 1992 upphörde utgivningen av den ekonomiska kartan. En transparent svartvit ekonomisk karta från Överlantmätarmyndigheten fick ersätta den tidigare registerkartan då Gula kartan var i för liten skala för redovisning av alla lämningar.

Efter Riksantikvarieämbetets omorganisation 1995 gavs den regionala kulturmiljövården större möjlighet att deltaga i fornminnesinventeringen, framför allt länsmuseerna.

Ett omfattande arbete har pågått fortlöpande sedan 1985 för att digitalisera informationen ur Fornminnesregistret. Från och med december 2005 har hela det analoga Fornminnesregistret ersatts av ett digitalt Fornminnesinformationssystem (FMIS). Med hjälp av söktjänsten Fornsök når man uppgifter om fornlämningar och andra kulturhistoriska lämningar från hela landet som idag uppgår till drygt 1,7 miljon fasta fornlämningar och övriga kulturhistoriska lämningar, registrerade på ca 600 000 platser. Då registret gjorts mer tillgängligt fyller det en viktig funktion för kulturmiljövården och det finns även tillgängligt för allmänheten.